Nachdem Shrek und Prinzessin Fiona nach einigen Abenteuern zueinander gefunden und schließlich geheiratet haben, warten nun Fionas Eltern begierig darauf ihren frisch gebackenen Schwiegersohn kennzulernen. Und so machen sich die Jungvermählten nebst befreundetem Esel auf in das Land "Weit Weit Weg", welches Fionas Eltern regieren. Allerdings sind sie etwas überrascht vom Aussehen des Schwiegersohnes und noch mehr darüber, wie sich ihre einst so hübsche Tochter verändert hat. Erschwerend kommt hinzu, dass die Hochzeit offenbar die Zukunftspläne des Königs vereitelten. Er engagiert sogar den gestiefelten Kater, der als Oger-Killer berüchtigt ist, um Shrek loszuwerden. Ein etwas zu hübscher Prinz, eine "gute" Fee und dunkle Geheimnisse am Hof sorgen dafür, dass Shrek, sein geschwätziger Freund Esel und Prinzessin Fiona sich plötzlich in einem neuen aufregenden Abenteuer wiederfinden, an dem auch verschiedenste bekannte Märchengestalten teilhaben...

Wie bereits im ersten Teil wird hier keine Gelegenheit ausgelassen, sich auf mehr oder weniger subtile Art über die Märchenwelt, das Showbusiness und den Konkurrenten Disney lustig zu machen.